ApexDocとは

外人さんが作ってくれたjavadoc的なことができるツール。
eclipseプラグインの形で提供されている。
Technology Share - TechShare: ApexDoc - A Salesforce Code Documentation Tool
GitHub - SalesforceFoundation/ApexDoc: The latest java source for ApexDoc, a tool to document your Salesforce Apex classes.

Very useful tool.
Thanks Aslam!

New BSD Licence
The 2-Clause BSD License | Open Source Initiative

このままだとマルチバイトに対応していないのでFileManager.javaを書き換えます。
dos.writeBytes(contents);としているところをdos.write(contents.getBytes());にすればよいだけ。
2箇所あるので二つとも直しましょう。
以下、例です。
original

for(String fileName : classHashTable.keySet()){                         
        String contents = classHashTable.get(fileName);                                 
        fileName = path + "/" + fileName + ".html";                             
        File file= new File(fileName);
        fos = new FileOutputStream(file);
    dos=new DataOutputStream(fos);
    dos.writeBytes(contents);
    dos.close();
    fos.close();
    infoMessages.append(fileName + " Processed...\n");
    System.out.println(fileName + " Processed...");
        if (monitor != null) monitor.worked(1);                     
}

changed

for(String fileName : classHashTable.keySet()){
	String contents = classHashTable.get(fileName);
	fileName = path + "/" + fileName + ".html";
	File file= new File(fileName);
	fos = new FileOutputStream(file);
    dos=new DataOutputStream(fos);
    dos.write(contents.getBytes());
    dos.flush();
    dos.close();
    fos.close();
    infoMessages.append(fileName + " Processed...\n");
    System.out.println(fileName + " Processed...");
	if (monitor != null) monitor.worked(1);
}